深圳公司注销税务清算是可以网上办理的，流程如下：
第一步办理企业所得税清算备案，根据企业自身填报备案提交审批，审批结束后清算申报套餐页面第一步清算备案状态变成已办理，方可进行第二步清算申报。(第一步审批通过变成已办理后需隔半日)
第二步为当期纳税申报，为增值税季报 (月报)、企业所得税季报、年报财务报表季报、年报、个人所得税代扣代缴月报。(因系统原因暂时不予以网办理当期企业所得税年报及个人所得税代扣代缴，所以办理完其他申报即可跳过第三步办理注销前置事项办理套餐)第三步为企业所得税清算申报，需要申报完当期企业所得税年报方可申报因系统原因目前当期企业所得税年报无法网上办理，所以可以跳过此项进行注销前置事项办理套餐。(等系统开放企业所得税当期年报便需要申报企业所得税清算中报后方可进行注销前置事项办理套餐)
三、清税证明打印
清税注销审批通过后，企业法定代表人或者财务负责人即可在电子税务局自然人登录模式或扫码登录选择个人登录进入，在[注销登记查询]模块输入纳税人识别号查询下载打印清税证明。
注销登记查询可以通过搜索功能搜索也可从首页菜单[我要查询一-一办税进度及结果信息查询一-一注销登记查询]进入