注册中外合资企业需要在以下部门进行办理：

商务部门：办理外资企业批准证书、中外合资企业营业执照等手续。

工商部门：办理公司名称预先核准、企业法人营业执照等手续。

税务部门：办理税务登记证等手续。

质量技术监督部门：办理组织机构代码证等手续。

外汇管理部门：办理外汇登记证等手续。

银行部门：办理银行开户等手续。

以上是注册中外合资企业需要在哪些部门进行办理的相关内容，需要注意的是，不同地区和行业可能会有不同的注册要求和规定，因此在实际操作中需要咨询当地工商部门或专业律师以获取更加详细的信息。