公司注销股东不配合的解决方法有两种：
1、通过联合公司持股比例达到三分之二以上的股东人员召开股东会议进行投票表决是否同意注销公司。根据规定公司想要修改公司章程、增加或者减少注册资金、合并、解散、变更公司权益等一系列重大决定的，都是需要公司所有股东的三分之二及以上的人员通过才可以强行执行；
2、可以通过联合持有公司全部股权及表决权百分之十以上的股东去法院提出申请，因为公司经营制度、管理方式或者遇到重大困难，再继续经营下去会导致各位股东的损失更严重的情况下，可以请求人民法院解散公司。
根据规定，公司经营管理发生严重困难，继续存续会使股东利益受到重大损失，通过其他途径不能解决的，持有公司全部股东表决权百分之十以上的股东，可以请求人民法院解散公司。