您好，公司在实际经营中，公司税务异常主要有如下原因：
1、公司没有按时记账和报税
公司注册好后，不管有没有实际经营，都要按时记账报税。如果没有在税务规定时间内申报，这样公司就会被税务局纳入异常。
2、公司经营地址异常
如果公司地址发生了变更，没有及时进行工商登记，就会造成主管税务机关没有及时重新分配相应的税务局，从而影响到公司的报税，然后导致税务异常。
还有一个是，公司注册地址不是实际办公地址，也会导致公司税务异常。
3、关联企业税务异常
与公司关联的分公司、子公司如果税务有异常也会影响到公司的的税务。还有一个是法定代表人名下的公司税务
4、企业存在偷税漏税行为
大家都清楚偷税漏税是我国明令禁止的，一旦发现这个问题，公司不仅需要补缴税款，还可能面临更大的惩罚。
首先，我们需要了解公司税务异常的具体原因。所以，我们首先要登录电子税务局，了解公司在税务方面究竟出了哪些问题，然后“对症下药”。该补账的补账、该补申报的申报、该调整的调整。如果涉及到罚款和滞纳金，按照要求缴纳。之后，再按照流程办理税务异常移除即可。
深圳公司税务异常处理方法
1、先到主管税务机关，找到公司的税务专管员，了解公司税务异常的情况；
2、根据税管员那边了解大的情况，处理税务异常。如果是地址的问题，先变更实际经营地址，再处理税务异常。如果是未申报的原因，及时补申报，有罚款的话，及时处理，然后联系税管员，就可以解除了。
3、如若是关联公司引起的，那就要先处理关联公司的异常了。处理好了，联系税管员，说明情况，就可以解除了；
4、如果是发票等问题，就比较麻烦。需要梳理以前的公司业务，说明情况，如果说不清楚的，则需要补相关税了。处理好了，联系税管员就可以解除了。
后面就可以正常经营了！要是您对此仍有疑问，欢迎随时联系华鑫峰在线客服和工作人员！