根据国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告（2012年第57号）第五条规定，新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。第一年其企业所得税在总公司申报缴纳。
所得税方面，根据国家税务总局公告2012年第57号规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业（以下简称汇总纳税企业），跨地区汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。
增值税方面，根据增值税暂行条例规定，固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
另据财税〔2012〕9号规定，固定业户的总分支机构不在同一县（市），但在同一省（区、市）范围内的，经省（区、市）财政厅（局）、国家税务局审批同意，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报缴纳增值税。
不知你司总分公司是否属于同一省，不属于同一省，不符合上述规定，暂无法申请增值税汇总申报。
