1、境内企业自然人股东转让股权，应计算是否在转让中有所得，如果有，所得部分缴纳20%个人所得税。
2、股权转让个税应由股权受让方代扣代缴，如果未能代扣代缴，受让方存在巨大风险。
3、缴纳地点应为境内企业所在地地税机关。
二、如何计算股权转让所得
1、股权转让所得=股权转让收入-股权原值
2、股权转让收入包括各种现金和非现金支付对价。
3、股权转让收入应按照公允价值计算收入，公允价值的认定中税务机关关注的是实际成交价是否低于公允价值。以下情况会理解为价格偏低：
——成交价格低于账面净资产
——如果公司有土地、房产、无形资产、股权等较容易移交的资产，成交价格不应低于净资产评估价值
——同时期或以前有过转让股权的，还需要比较两次股权的价格是否合理
4、股权原值为自然人股东取得股权所付出的代价。
——如果是原始股东，股权原值为原始投资
——如果是转让取得股权，为取得时转让价值