1、税务机关将纳税人纳入重点监控范围，并按照相关规定进行纳税评估，在评估过程中发现其存在隐瞒收入、虚开发票等行为，要求其补缴当期税款与滞纳金，并可按规定对其处以罚款，情节严重的移送稽查;
2、纳税人为走逃户的，按规定纳入重大失信名单并对外公告，同时利用系统核查“受票方”，核查其是否存在善意取得虚开增值税发票、恶意串通等情况，并按照规定进行查处，同时将走逃户纳税人直接评定为d级纳税人，承担d级纳税人后果;
3、对长期零申报且持有发票的纳税人，发票降版降量。同时可以按规定要求纳税人定期前往税务机关对发票的使用进行核查;
4、税务机关通过核查，可以按照相关规定采用成本费用公式核定纳税人收入。
二、零申报的定义
1、按照《国家税务总局流转税管理一司关于印发<关于增值税一般纳税人零申报、负申报现象的调查报告>的通知》(国税流一函〔1997〕2号)最早对增值税零申报进行了定义，即“零申报，是指一般纳税人的纳税申报既无销项税额也无进项税额，应纳税额为零”。
2、按照《国家税务总局关于合理简并纳税人申报缴税次数的公告》(国家税务总局公告2016年第6号)的规定“随增值税、消费税附征的城市维护建设税、教育费附加免于零申报”。
说明：零申报是指企业纳税申报的所属期内没有发生应税收入，此情况一般存在于未开展经营或者当期有收入未按规定如实申报。
何谓长期?通常情况下，税务机关认定半年以上为长期，当然具体时限还是以各省、市税务机关认定的时间为准。
三、为什么会出现零申报
原因如下：
1、工商登记改革后，市场主体办理了营业执照，但由于存在未能取得相关部门审批或者尚不确定从事何种经营行为等多种原因，较长时间没有发生经营行为的情况增多，导致出现零申报。
税务机关告诉你，不要担心，零申报属于正常申报。
2、纳税人开业后处于筹建期，但并不意味着纳税人可以随意申报，先看看相关政策：
《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》(国税函〔2009〕98号)关于开(筹)办费的处理：新税法中开(筹)办费未明确列作长期待摊费用，企业可以在开始经营之日的当年一次性扣除，也可以按照新税法有关长期待摊费用的处理规定处理，但一经选定，不得改变。企业在新税法实施以前年度的未摊销完的开办费，也可根据上述规定处理。
按照《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函〔2010〕79号)文件的规定企业自开始生产经营的年度，为开始计算企业损益的年度，企业从事生产经营之前进行筹办活动期间发生筹办费用支出，不得计算为当期亏损，应按照《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》(国税函〔2009〕98号)规定执行。
《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》(国家税务总局公告2012年第15号)关于筹办期业务招待费等费用税前扣除问题：企业在筹建期间，发生的与筹办活动有关的业务招待费支出，可按实际发生额的60%计入企业筹办费，并按有关规定在税前扣除;发生的广告费和业务宣传费，可按实际发生额计入企业筹办费，并按有关规定(国税函〔2009〕98号第九条)在税前扣除。因此，纳税人一定要按照相关规定进行申报。
税务机关告诉你，企业处于筹建期的，应按相关政策规定进行费用归集和税前扣除，准确判断筹办期结束时间，正确进行申报。
3、成本费用>收入合计，纳税人为避免麻烦，感觉反正都是亏损，即使有收入也违规进行零申报。
税务机关告诉你，你的行为是错误的，因为你的处理可能会将亏损人为转移到以后年度申报，造成人为延长亏损可弥补期间，可能会承担不利后果。
4、当期存在收入，但为了偷逃税款，进行涉嫌虚假零申报。
税务机关告诉你，你出大问题了，你的行为涉嫌虚假申报，造成少缴税款的，还涉嫌偷税，那么只能对你采取法律手段了。
