子公司与分公司是现代大公司企业经营组织的重要形式，但是区别也大，分公司是与总公司或本公司相对应的一个概念。许多大型企业的业务分布于全国各地甚至许多国家，直接从事这些业务的是公司所设置的分支机构或附属机构，但它不是真正意义上的公司。因为分公司不具有企业法人资格，不具有独立的法律地位，不独立承担民事责任。
而子公司是与母公司相对应的法律概念。母公司是指拥有另一公司一定比例以上的股份或通过协议方式能够对另一公司实行实际控制的公司，子公司是指一定比例以上的股份被另一公司所拥有或通过协议方式受到另一公司实际控制的公司。子公司具有法人资格，可以独立承担民事责任，这是子公司与分公司的重要区别。
通过持有其他公司一定比例以上的股份而对其实行控制的公司，又称控股公司。母公司与控股公司是可以通用的两个概念，子公司也可以通过控制其他公司一定比例以上的股份而成为控股公司，被控股的公司成为孙公司。母公司通过控制众多的子公司、孙公司而成为庞大的公司集团。母公司只要通过较少的资本就可以利用子公司的资本购买别的公司，组建起金字塔型的公司集团模式。
《公司法》规定，公司可以设立分公司，分公司不具有企业法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有企业法人资格，依法独立承担民事责任。
子公司与分公司是现代大公司企业经营组织的重要形式。一家公司为什么安排它的某些附属单位作为子公司，而另一些附属单位又作为分公司？这恐怕最主要要从税收筹划的角度来分析，因为在市场竞争日趋激烈的条件下，一切合法的有利于提高企业经济效益的措施均是企业考虑的重点，而选择有利于纳税优惠的组织形式，正是达到这一目标的重要途径之一。
子公司设立好处：
1．在东道国同样只负有有限的债务责任（有时需要母公司担保）；
2.子公司向母公司报告企业成果只限于生产经营活动方面，而分公司则要向总公司报告全面情况；
3.子公司是独立法人，其所得税计征独立进行。子公司可享受东道国给其居民公司提供的包括免税期在内的税收优惠待遇，而分公司由于是作为企业的组成部分之一派住国外，东道国大多不愿为其提供更多的优惠；
4.东道国运用税率低于居住国时，子公司的累积利润可得到递延纳税的好处；
5.子公司利润汇回母公司要比分公司灵活的多，这等于母公司的投资所得、资本利得可以持留在子公司，或者可经选择税负较轻的时候汇回，得到额外的税收利益。
6.许多国家对子公司向母公司支付的股息规定减征或免征预提税。
对设立分公司规定的好处一般有：
1.分公司一般便于经营，财务会计制度的要求也比较简单；
2.分公司承担成本费用可能要比子公司节省；
3.分公司不是独立法人，就流转税在所在地缴纳，利润由总公司合并纳税。在经营初期，分公司往往出现亏损，但其亏损可以冲抵总公司的利润，减轻税收负担；
4.分公司交付给总公司的利润通常不必缴纳预提税；
5.分公司与总公司之间的资本转移，因不涉及所有权变动，不必负担税收。
子公司是独立的法人实体，在设立国被视为居民纳税人，通常要承担与该国其它公司一样的全面纳税义务。分公司不是独立的法人实体，在设立分公司的所在国被视为非居民纳税人，只承担有限的纳税义务。分公司发生的利润与亏损要与总公司合并计算，即“合并报表”。我国税法也规定，公司的下属分支机构缴纳所得都有两种形式：一是独立申报纳税；一是合并到总公司汇总纳税。而采用哪种形式缴税则取决于公司下属分支机构的性质--是否为企业所得税独立的纳税义务人。
开办初期，下属企业可能发生亏损，设立分公司，因与总公司“合并报表”冲减总公司的利润后，可以减少应税所得，少缴所得税。而设立子公司就得不到这一项好处。但如果下属企业在开设的不长时间内就可能盈利，或能很快扭亏为盈，那么设立子公司就比较适宜，可以得到作为独立法人经营便利之处，还可以享受未分配利润递延纳税的好处。除了在开办初期要对下属企业的组织形式精心选择外，在企业的经营、运作过程中，随着整个集团或下属企业的业务发展，盈亏情况的变化，总公司仍有必要通过资产的转移、兼并等方式，对下属分支机构进行调整，以获得更多的税收利益。设立分公司还是通过控股形式组建子公司，在纳税规定上就有很大不同。由于分公司不是一个独立法人，它实现的盈亏要同总公司合并计算纳税，而子公司是一个独立法人，母、子公司应分别纳税，而且子公司只有在税后利润中才能校股东占有的股份进行股利分配。一般说来，如果组建的公司一开始就可盈利，设立子公司就更为有利。在子公司盈利的情况下，可享受到当地政府提供的各种税收优惠和其他经营优惠。如果组建的公司在经营初期发生亏损，那么组建分公司就更为有利，可减轻总公司的税收负担。