国家税务总局关于发布《个人所得税扣缴申报管理办法（试行）》的公告（国家税务总局公告2018年第61号）第二条规定，扣缴义务人，是指向个人支付所得的单位或者个人。扣缴义务人应当依法办理全员全额扣缴申报。
全员全额扣缴申报，是指扣缴义务人应当在代扣税款的次月十五日内，向主管税务机关报送其支付所得的所有个人的有关信息、支付所得数额、扣除事项和数额、扣缴税款的具体数额和总额以及其他相关涉税信息资料。
根据上述规定，员工工资减除社保和5000元后为负数（即不须预缴个人所得税），也应在个人所得税申报系统申报支付该员工所得数额、扣除事项等相关涉税信息资料。
