深圳公司营业执照遗失后仍可办理注销，但需先完成营业执照的遗失声明及补办（或无需补办直接声明作废）流程，具体步骤如下：
一、营业执照遗失处理
1. 登报声明作废
需在市级以上公开发行的报纸（如《深圳特区报》《深圳商报》等）刊登营业执照遗失声明，声明内容应包括公司名称、注册号、遗失营业执照正/副本等信息。登报后需保留报纸原件及刊登证明，作为后续注销的材料之一。
2. 补办营业执照（可选）
部分地区注销时需提供营业执照原件，建议先向深圳市市场监督管理局申请补办：
o 准备材料：法定代表人签署的《营业执照补办申请书》、登报声明、法人身份证复印件、经办人身份证原件及复印件等。
o 办理流程：通过“深圳市场监管局”官网或线下窗口提交材料，审核通过后领取新营业执照。
注：部分区域允许凭遗失声明直接办理注销，无需补办，建议提前咨询当地登记机关。
二、公司注销流程
完成遗失处理后，按正常注销流程办理，主要步骤包括：
1.清算组备案
· 成立清算组，登录“国家企业信用信息公示系统”或前往登记机关办理清算组备案，公示清算组成员及负责人信息。
2.债权人公告
· 在“国家企业信用信息公示系统”发布债权人公告（公示期45天），或在报纸上刊登注销公告，公告期满无异议后可进入下一步。
3.税务注销
· 向主管税务局提交注销申请，结清应纳税款、滞纳金及罚款，缴销发票和税控设备，领取《清税证明》。
4.工商注销
· 准备材料：注销登记申请书、清算报告、股东会决议、《清税证明》、登报声明、营业执照遗失证明（或补办的营业执照）、法人及经办人身份证等。
· 通过“广东政务服务网”线上提交或线下窗口办理，审核通过后领取《准予注销登记通知书》。
5.其他注销
完成银行账户注销、社保账户注销、公章销毁等后续步骤。
三、注意事项
1. 材料真实性：所有提交材料需加盖公司公章（若公章遗失，需先补办公章或由法定代表人签字并说明情况）。
2. 地区差异：深圳市不同区的注销要求可能存在细微差别，建议提前通过“深圳市市场监督管理局”官网或咨询热线（0755-12315）确认最新流程。
3. 时间成本：从登报声明到完成注销，整体周期约2-3个月，需合理规划时间。
综上，营业执照遗失不影响注销，但需先完成遗失声明及相关证明手续，确保材料齐全后按流程办理即可。