深圳公司注销时，账面有存货是否需要补税，需根据存货的实际处理情况及相关税法规定综合判断，主要涉及增值税和企业所得税两个税种，具体分析如下：
一、增值税处理
1. 存货销售或视同销售情形
若公司在注销前将存货对外销售，应按正常销售行为计算缴纳增值税，税率根据存货类型适用（如一般纳税人销售货物适用13%税率，小规模纳税人适用3%征收率）。若存货未直接销售，但发生视同销售行为（如用于分配给股东、无偿赠送他人等），根据《增值税暂行条例实施细则》，需按同类货物销售价格或组成计税价格计算销项税额，缴纳增值税。
例如，账面存货成本100万元，市场价120万元，一般纳税人企业需补增值税=120×13%=15.6万元（假设无进项税额抵扣）。
2. 存货报废、毁损或进项税额转出
若存货因管理不善导致霉烂变质、丢失等非正常损失，根据《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号），其对应的进项税额不得从销项税额中抵扣，需做进项税额转出处理，补缴已抵扣的增值税。计算公式为：进项税额转出额=存货成本×适用税率。
例如，存货成本50万元（已抵扣进项税6.5万元）因保管不善报废，需转出进项税6.5万元，即补缴增值税6.5万元。
3. 存货无偿移交给股东或投资者
若公司注销时将存货分配给股东，属于“将自产、委托加工或购买的货物分配给股东或投资者”，需视同销售缴纳增值税，计税依据为同类货物售价或组成计税价格。
二、企业所得税处理
1. 存货销售或视同销售的应税收入
注销时销售存货，需确认销售收入并结转成本，计入应纳税所得额；若存货用于分配、赠送等视同销售行为，需按公允价值确认收入，同时扣除成本，计算缴纳企业所得税（税率一般为25%，小型微利企业可享受优惠税率）。
例如，存货成本80万元，销售价格100万元，需确认应纳税所得额20万元，按25%税率计算，补缴企业所得税5万元。
2. 存货盘亏、毁损的税前扣除
若存货发生正常损耗（如合理损耗），其成本可全额税前扣除；若属于非正常损失（如因管理不善导致被盗、丢失、霉烂变质），需凭相关证明材料（如公安机关证明、第三方鉴定报告等）向税务机关申报，经批准后，其损失（含转出的进项税额）可在税前扣除，否则不得扣除，需调增应纳税所得额。
3. 清算所得的计算
公司注销进入清算阶段时，需将存货的可变现价值或交易价格减除资产计税基础、清算费用及相关税费后的余额，计入清算所得，一并缴纳企业所得税。若存货实际处置收入低于账面成本，形成的损失可抵减清算所得。
三、特殊情形：存货无实际价值或已损毁
若存货因长期积压、过期等原因已无实际使用价值且无法销售，需提供相关证据（如存货盘点表、报废说明、市场价格证明等），经税务机关认可后，可按账面成本扣除残值后的余额确认为资产损失，在企业所得税税前扣除，无需缴纳增值税（无销售或视同销售行为且无进项税额转出情形时）。
四、实操建议
1. 优先销售或处置存货
注销前尽量通过正常销售处理存货，避免视同销售或非正常损失导致的额外税负，同时留存销售合同、发票、银行流水等凭证备查。
2. 规范留存证据材料
对报废、毁损的存货，及时收集盘点记录、报废审批文件、第三方鉴定报告等，确保税务机关认可损失扣除。
3. 清算申报与税务备案
在办理注销税务登记前，完成存货的增值税申报（含视同销售、进项税额转出）和企业所得税清算申报，如实填报《企业清算所得税申报表》及相关附表，避免因未申报导致的罚款或滞纳金。
综上，深圳公司注销时账面存货是否补税，取决于存货的实际处理方式（销售、分配、报废等）及税务认定，建议结合具体情况咨询主管税务机关或专业税务人员，确保合规处理并降低税负风险。