深圳跨境电商公司在面对税务稽查时，需要特别注意以下几个重点：
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隐瞒收入：许多跨境电商公司通过个人账户收取货款而不入账，或者设立两套账本（内账和外账），以隐瞒实际收入。这违反了税法规定，一旦被查，不仅需要补缴税款，还可能面临滞纳金和罚款。例如，某深圳亿级电商大卖因隐瞒收入被追缴税款和罚款超过9500万元。
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资金流水不匹配：税务部门通过金税四期系统，能够比对平台交易数据、资金流水、物流信息等，发现不一致之处。如果企业使用个人账户收款，而这些资金未按规定入账，会被视为隐匿收入。
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虚假纳税申报：跨境电商行业普遍存在通过买单报关、第三方收款提现到个人账户等方式进行虚假纳税申报的行为。这些行为在税务严查下，容易被发现并要求补税。
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关联交易定价不合理：企业与关联方之间的交易如果定价不合理，可能被税务部门视为避税行为，要求重新定价并补缴税款。
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未申报海外资产或关联交易：随着CRS信息互通，企业未申报的海外资产或关联交易容易被追踪到，可能导致补税和罚款。
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合规出口问题：跨境电商企业需要确保出口业务符合海关和税务的双重规定，如1039市场采购贸易政策，以实现免税出口，避免因不合规出口导致的税务问题。
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税务合规改造：企业应考虑业务流重构，如设立采购公司处理无票支出，采用“平台-机构-主播”三方分账模式，以及使用ERP系统同步平台销售数据，以降低税务风险。
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历史遗留问题：税务稽查不仅限于当前年度，可能追溯前几年的账务，因此企业需要确保所有年度的财务报表和税务申报真实、准确。
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政策红利捕捉：了解并利用跨境电商可以享受的所得税减免政策，如提供海外仓备案证明，以及研发费用加计扣除比例的提高，以减轻税负。
综上所述，深圳跨境电商公司必须重视税务合规，避免通过不正当手段减少税负，以免在税务稽查中面临严重的法律后果和经济损失。合规经营不仅是避免风险的需要，也是企业长期稳定发展的基础。