跨境电商分公司税务应该按照下面三个维度来分别视情况而定：
一、 分公司企业所得税的具体处理
根据中国税法，居民企业设立的分公司（非独立法人）的企业所得税处理，主要遵循 “统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算” 的原则。

汇总纳税备案：总公司需将所有二级及以下分支机构信息向其主管税务机关备案。这个过程可以通过电子税务局的“汇总纳税报告”模块在线完成。

就地预缴：分公司需按一定比例（如50%）在当地预缴企业所得税。

汇总清算：总公司将所有分支机构的利润/亏损汇总后，计算年度应纳税额，再进行税款分配和清算。

二、 跨境电商业务的特殊税务考量
除了常规的公司税务，跨境电商业务本身还需处理以下核心问题：

出口退（免）税：这是跨境电商的核心税务利益之一。分公司作为出口主体，可以凭报关单等凭证申请退税。特别是通过海外仓（9810模式）出口的货物，可适用“离境即退税、销售再核算”的预退税政策。

平台收入数据与税务申报的协同：根据2025年国税15号文，电商平台会向税务机关报送店铺收入数据。这意味着，无论总公司还是分公司作为店铺主体，其税务申报收入必须与平台报送数据相匹配，否则会触发风险提示。平台报送的是收入总额（不扣除平台费用等），而企业申报时需注意确认时点和口径的差异。

业务模式的合规风险：要特别注意规避“买单出口”等不合规模式。根据国税17号公告，通过代理出口必须如实申报，否则可能面临被视同自营、补缴税款的风险。建议向“阳光化”转型，即做到“有票采购、阳光报关、阳光收汇、阳光税务”。

三、 境外分支机构的额外注意事项
如果你的分公司设立在中国境外，处理起来会更复杂一些。

境内税务登记与报告：在境外设立分支机构，境内总公司仍需向主管税务机关办理相关税务登记，并报告境外分支机构信息。

遵从当地税法：境外分支机构需作为境外税法的纳税人，遵守所在国的税收规定。

避免双重征税：分支机构的利润在境外已纳税款，境内总公司可以在汇总计算全球所得税时，按规定进行税收抵免。

转让定价风险：如果境外分支机构与境内公司存在关联交易（如货物买卖），定价需符合独立交易原则，否则可能面临税务机关的转让定价调查调整。