设立分公司时，深圳海关对分支机构的进出口备案流程主要遵循以下步骤：
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取得市场主体资格：首先，分公司需要确保其设立在深圳市并取得相应的营业执照，营业执照上应明确记载其为母公司的分支机构。
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母公司已有备案：母公司在海关已有进出口货物收发货人备案，这是分公司备案的基础条件。
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提交备案申请：分公司需通过中国国际贸易单一窗口或互联网+海关等平台向所在地海关提交备案申请。备案时，分公司应提供其与母公司的关联证明，以及母公司的备案信息。
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填写必要信息：在备案申请中，分公司需要填写相关的企业信息、联系人信息、经营地址等，确保信息的准确性和完整性。
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上传材料：分公司需要上传营业执照副本复印件、法人和股东的身份证件扫描件、公司名称和地址的英文翻译、法人的电话号码和邮箱等。
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审核与确认：海关会对提交的备案信息进行审核，审核通过后，分公司将获得海关进出口代码。
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领取备案证明：备案完成后，分公司可以通过中国国际贸易单一窗口在线打印《海关报关单位备案证明》。如果需要纸质证明，可以联系主管海关盖章。
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电子口岸卡：分公司可能还需要办理电子口岸卡（IC卡），以便进行电子报关等操作。这一步骤通常包括网上申请并选择线上或线下办理。
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外汇管理备案：分公司还需在国家外汇管理局的数字外管平台上完成外汇收支企业名录的备案，确保外汇业务的顺利进行。
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完成备案：所有上述步骤完成后，分公司即具备了进出口货物收发货人的资格，可以开始办理进出口业务。
整个流程中，分公司需要确保所有信息的准确性和及时性，并按照海关和外汇管理局的要求完成备案。如果分公司在操作过程中遇到困难，可以咨询专业的代理机构或直接联系海关和外汇管理局获取帮助。