公司异地开户可能面临以下弊端：
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扣税协议限制：如果基本账户开在异地，后期公司达到相应的纳税标准时，可能无法与银行直接签订扣税协议，导致在开具发票需要扣税时遇到困难。这可能需要公司在本地再开设一个一般账户用于纳税。
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税务管理问题：公司注册地与经营地分离可能导致税务管理上的不便，需要在注册地办理税务登记和年检，如果公司主要经营活动在异地，可能会增加管理和沟通成本。
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银行尽职调查难度增加：虽然可以异地开户，但银行在开户时会进行注册地址和经营地址的尽职调查，注册地址或办公地址在异地可能需要配合银行进行实地尽调，增加时间和成本。
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网银限额设置：异地开户可能会让银行在设定企业网银单日单笔限额时更加谨慎，可能需要提供合同、发票、流水等作为上调额度的依据。
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防诈反洗钱风险：企业需要确保经营流水的真实性，资金的异常流动可能触发银行的风控模型，需要企业提供相关资料证明资金流动的合理性，否则可能面临账户控制甚至销户的风险。
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操作不便：尽管现在网银普及，但某些业务仍需银行面对面办理，异地开户可能增加来回跑银行的不便。
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政策和规定差异：不同地区的银行对异地开户的政策和要求可能不同，需要提前了解并遵守相关规定。
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信用和监管问题：如果注册地址是虚拟挂靠或非实际办公地址，可能在市场监管部门的抽查中被纳入异常，影响公司信誉和后续经营。
因此，尽管法律允许公司异地开户，但需权衡上述潜在弊端，并根据公司的具体需求和实际情况做出决策。