1. 跨地区经营汇总纳税企业
这类企业需要按照国家税务总局发布的《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》进行管理，除非属于特定免税或特殊管理的企业，如国有邮政企业、部分银行和石油天然气企业等。
2. 总分机构的税款分摊
总机构需按公式计算分摊税款，即总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额×50%。
分支机构的税款分摊则基于其营业收入、职工薪酬和资产总额的比例进行计算，具体公式为：
营业收入比例×0.35 + 职工薪酬比例×0.35 + 资产总额比例×0.30。
新设立或撤销的二级分支机构在特定时期内不参与分摊。
3. 分支机构的特殊情况
不具主体生产经营职能的内部辅助性机构，如售后服务、研发、仓储等，以及小型微利企业、新设立或当年撤销的分支机构，不需就地分摊缴纳企业所得税。
境外分支机构也不参与分摊。
4. 报备与变更
总机构需向所在地税务机关备案所有二级及以下分支机构信息。
分支机构需向当地税务机关备案总机构及所有层级的信息。
备案信息变更应在30日内更新，分支机构注销后，总机构需在15日内报备。
5. 视同独立纳税人
无法提供所得税分配表或证明其二级身份的非法人分支机构，需视同独立纳税人缴税，且身份不变。
6. 申报表填报
总机构在有需就地缴税的分支机构时，需额外填报《跨地区经营汇总纳税企业年度分摊企业所得税明细表》和《企业所得税汇总纳税分支机构所得税分配表》。
分支机构自2018年二季度起，只需填报主表的分摊比例和应补（退）所得税额，无需填写分配表。
7. 跨区提供建筑服务的特别规定
总机构直属项目部按收入0.2%预分税款。
二级分支机构跨省施工需遵循统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算原则。
分支机构直属项目部收入汇总计入该分支机构。
8. 税务登记与报告
企业在异地经营需向机构地国税填报《跨区域涉税事项报告表》，并可能需要在经营地进行税务登记，除非特殊情况。
9. 成本与收入的处理
企业所得税的计算基于营业收入、职工薪酬和资产总额，这些数据需按国家会计制度核算，并在年度首次计算分摊税款时使用。
10. 例外情况
从事特定行业（如建筑、不动产租赁、房开等）的跨地区经营，可能有额外的税务处理要求。
在地税务登记需考虑是否常驻和是否从事生产经营，影响税款缴回注册地或在经营地纳税。
这些规则确保了跨地区经营企业的税收公平性和管理效率，同时也保护了企业的合法权益。