深圳公司在进行转让时，可能会面临以下风险：

1. **税务风险**：转让方需确保在转让前公司的税务问题得到妥善处理，否则可能会影响转让价格，甚至导致转让后受让方需要承担未知的税务责任。

2. **财务风险**：如果公司的财务账目不清或存在虚假情况，受让方可能会在接手公司后面临财务风险，包括但不限于潜在的债务、亏损等问题。

3. **法律风险**：公司转让过程中，如果转让协议不合法或不符合法律规定，可能会导致转让无效。此外，如果公司涉及未解决的诉讼或仲裁，也会给受让方带来风险。

4. **经营风险**：受让方可能对公司的实际经营状况缺乏了解，如果公司经营状况不佳或市场环境发生变化，受让方可能会面临经营风险。

5. **债权债务风险**：公司转让可能涉及未披露的债权债务，如果这些债权债务在转让后暴露出来，受让方可能需要承担相应的责任。

6. **资产风险**：公司资产的实际价值可能与转让方声称的价值不符，或者资产存在权属纠纷，这会给受让方带来资产风险。

7. **声誉风险**：如果原公司在市场上有不良声誉，这种声誉可能会影响到受让方。

8. **合同风险**：转让合同中可能存在不明确的条款或遗漏，这可能导致合同纠纷。

9. **监管风险**：在某些行业，公司转让可能需要得到相关监管机构的批准，如果未能获得批准，转让可能无法完成。

10. **操作风险**：公司转让流程复杂，如果操作不当，可能会导致转让失败或产生额外成本。

因此，无论是转让方还是受让方，在进行公司转让时都应进行充分的尽职调查，明确公司现状，确保转让过程的合法合规，并采取适当的风险管理措施。